La guerra civil en la antigua Yugoslavia ha despojado a la joven, Arjeta Filipo, de su tierra natal. Cuando, a sus cuarenta años, encuentra unas fotos antiguas durante un cambio de residencia de repente comprende gran parte de la historia de su vida oscura. De este modo, Arjeta vuelve a examinar las grietas de su conciencia y de su vida.

Madera de cerezo trata de la ciudad asediada, Istria, el mar de su infancia y juventud, y sus escapadas a principios de los 90 que lo cambiaron todo. Pero, sobre todo, trata de su estancia en París, donde estudió Filosofía y empezó una nueva vida en un nuevo idioma junto a Arik, un pintor del que se enamoró en contra de su voluntad. Misha Weisband, ornitólogo, se convierte en su confidente, mientras que Nadezhda, física, en su mejor amiga. Hay un secreto que las une, pero que también las separa. Un secreto que solo Arik conoce y guarda durante muchos años.